ライブラリ「Excel操作(マクロ実行)」の特性として、そのマクロの処理が終わるまで次のノードの動作に移れないことが原因と考えられます。以下のような対処方法があります。

「画像マッチング」を利用する

マクロの実行開始ボタン等が画面上にあるのであれば、ライブラリ「Excel操作(マクロ実行）」を使わず、ノード「画像マッチング」でそのボタンを押下させる。これにより、次のノードに遷移することが可能となり、ポップアップ画面の操作ができます。

エミュレーションを利用する

予め「マクロオプション」で実行したいマクロに任意のショートカットキーを割り当てておきます。エミュレーションでそのショートカットキーを入力し、マクロを実行すれば次のノードに遷移することができます。またエミュレーションで「Alt+F8」と入力し、マクロウィンドウを表示、マクロ名を選択して「実行」する方法もあります。

※ 開発タブを表示した状態で操作をしてください。

マクロを修正をする

ポップアップ画面を表示しないようにマクロを修正をすることでも対処できます。