Excelファイルを開いた際にポップアップなどが表示される場合には、ライブラリ「Explorerでファイル開く」を使用することでエラーを回避できます。

上記ライブラリでExcelファイルを開いた後、「クリック（WIN32）」や画像マッチング、エミュレーションを使用して、ポップアップ等に対して処理を行ってください。

※ またExcelの設定でポップアップ非表示等の設定ができれば、その設定を行うことを推奨します。