重複する画面がある場合、操作対象画面の正確な判断はできません。よりアクティブな【前面】にある画面が優先されます。

ウィンドウを識別する条件には質問内容の条件の他にウィンドウサイズがあるので、画面A、Bをサイズを指定して開けるのであれば、識別ルールで「ウィンドウサイズ」が指定した値と「等しい」という条件を付けることで区別することは可能です。

また、ライブラリ「画面サイズ、位置設定」を使用して画面サイズを一定にすることができます。

起動タイミングが異なるのであれば画面A起動後に「画面サイズ、位置設定」を行い、画面B起動後に「ウィンドウ識別クリア」を行って「画面サイズ、位置設定」を行えば、以降はそれぞれのウィンドウ識別ルールにて操作を行うようにシナリオを作成することが可能です。